フォルダオプションで、
「すべてのファイルとフォルダを表示する」にチェックし、
「保護されたオペレーティングシステムファイルを表示しない」のチェックを解除すると、
ルートフォルダに Hiberfil.sys や Pagefile.sys という名前の巨大なファイルがあります。

Hiberfil.sysは、休止状態 (ハイバネーション) のときにメモリーの内容を待避させるファイル
Pagefile.sysは、ページファイル (スワップファイル)
ですので、そのままでもかまいません。
が、あまりにも巨大で勿体無いのでスリムにしてしまいましょう。

Hiberfil.sys
休止状態は、メモリの内容をファイルに保存して終了しておいて次回起動時にそれを読み込むことで起動時間を短縮する、
というもので、搭載メモリと同じサイズの Hiberfil.sys が必要になります。つまり、メモリを1GB搭載していれば、1GBの Hiberfil.sys が作られることになります。
休止状態を使わないのであれば、
コントロールパネルの「電源オプション」で [休止状態] タブをクリックし、
「休止状態を有効にする」のチェックを解除します。
（筆者は休止状態を使っていませんのでチェックを解除しています。）なお、チェックを解除したら、Hiberfil.sys は自動的に消滅します。消滅しないときは手動で削除してください。

Pagefile.sys
デフォルトで、搭載メモリの1.5倍のサイズの Pagefile.sys が作られます。つまり、1GBのメモリを搭載していると、1.5GBの Pagefile.sys が作られることになります。
このままでは、スワップができるだけ起きないようにメモリを増設しても、増設した分だけ大きな Pagefile.sys が作られることになります。
普通の使い方では、512MB以上のメモリを搭載していれば、Pagefile.sys を縮小してもあまり問題にはならないと思われますし、万一不足したときは、Windowsが増やすように要求してくるので、その時に増やせばいいでしょう。
「スタート」→「マイコンピュータ」を右クリックして
マイコンピュータのプロパティで
「詳細設定」→「パフォーマンス／設定」→「詳細設定」→「仮想メモリ／変更」で
カスタムサイズを選択し，初期サイズと最大サイズを共に小さくします。
（筆者は512MBにしていますが、256MBでも問題ないと思われます。）

Pagefile.sysとデフラグ
スワップファイル(Pagefile.sys) は、デフラグの移動対象からはずされますので、
スワップファイルに激しいフラグメントが起きていると
効率よくデフラグを実行できません。
デフラグ実行前に
・一時的にスワップファイルを別ドライブに移動する
または
（じゅうぶんな物理メモリが搭載されているなら）
・一時的に「スワップファイルなし」にする
ことをおすすめします。
→　http://hodgepodge.blog22.fc2.com/blog-entry-40.html

　※スワップファイルを別ドライブに移動するには
　　「詳細設定」→「パフォーマンス／設定」→「詳細設定」
　　　→「仮想メモリ／変更」を選択すると
　　　「仮想メモリ」画面で、現在のドライブが
　　　リバース表示されています。
　　　この枠内の別ドライブをクリックして変更します。

　※シャットダウン時に、Pagefile.sysを消去する方法
　　１．レジストリ エディタ (Regedt32.exe) を起動
　　２．次のレジストリキーで
　　　　ClearPageFileAtShutdown 値のデータ値を 1 に変更
　　　　　HKEY_LOCAL_MACHINE/SYSTEM/CurrentControlSet/
　　　　　Control/Session Manager/Memory Management
　　　　このレジストリ値が存在しない場合は追加する。
　　　　　値の名前 : ClearPageFileAtShutdown
　　　　　値の種類 : REG_DWORD
　　　　　値 : 1

◇追記◇
一般的には、（WindowsXPの場合）
　　・物理メモリ+スワップメモリ（「pagefile.sys」）＝512MB
程度は確保したほうが良いとされているようです。

数百MBものスワップが発生するようでしたら
著しくパフォーマンスが低下することが予想されますので
物理メモリの増設を検討されたほうがいいかもしれません。

なお、スワップファイルの初期サイズと最大サイズは同じ大きさにされる
ことをおすすめします。
（Windowsにスワップファイルの拡大とスワップ処理を同時にやらせるのは
　負担が大きいからです。
　またフラグメント発生の原因にもなります。）
また、システムフォルダがあるドライブ（Ｃドライブの場合が多い）とは別に
高速なハードディスクが取り付けられていれば、
それをスワップファイル用に指定すると速度の向上が期待できます。

※ご質問をいただき、追記しました。
　ありがとうございます。
　いただいたコメントにレスをしております。